Aufklärung – Reform des Studiums der Theologie 

Doch noch war es nicht so weit. Im 18. Jahrhundert befindet sich die europäische Geisteswelt im Umbruch. Rationales Denken und Vernunft werden zur Grundlage von Philosophie und Naturwissenschaft; die Aufklärer fordern religiöse Toleranz und Emanzipation. Die katholische Kirche, insbesondere die Priesterausbildung werden damit herausgefordert. Die Reaktionen schwankten zwischen Verdammung einerseits und Austausch andererseits. Letzteres ging als Katholische Aufklärung in die Geschichtsbücher ein.

In Bamberg begann man behutsam, dem Geist der Aufklärung zu entsprechen. Lehrbücher wurden reformiert, bald auch eine neue Lehrmethode eingeführt. Lehrer und Schüler führten Unterrichtsdialoge, Dispute zwischen den Studenten untereinander wurden gefördert, um den gelernten Stoff zu vertiefen. Kandidaten übten in der Hofkapelle das Predigen. 1774 wurde ein neuer Studienplan eingeführt, der neben Philosophie und Theologie auch die Bereiche Logik, Physik, Mathematik und Ethik umfassen sollte. So gefestigt konnte das Seminar auch die Säkularisation überstehen.