Mit der Kapitulation der Wehrmacht ging am 08. Mai 1945 der Zweite Weltkrieg zu Ende. Deutschland war zerstört – moralisch, politisch, kulturell – de facto hatte es aufgehört zu existieren. Das Land wurde in vier Besatzungszonen aufgeteilt; seine Zukunft war ungewiss. Die Menschen fragten sich: Kann es überhaupt eine Zukunft geben?
Auch in Bamberg (nur scheinbar vom Krieg verschont) war das zu spüren. Zehn Prozent des Wohnraums waren zerstört. Ein schier nicht enden wollender Strom von Vertriebenen ergoss sich von Ostern her über das Land. Menschen irrten auf der Suche nach Überlebenden und Hinterbliebenen umher. Viele suchten vergebens.
Schwierig gestaltete sich auch die Wiederaufnahme des Seminarbetriebs. Noch in den letzten Tagen war das Gebäude durch einen Luftangriff beschädigt worden. Es fehlte an allem: An Nahrung, an Räumlichkeiten, an fließend Wasser und vor allem – an Alumnen. Viele waren gefallen, die meisten gerieten in Kriegsgefangenschaft. Ihr Schicksal war anfangs unbekannt.
Erst im Oktober 1945 war das Gebäude notdürftig repariert worden, der Betrieb konnte offiziell aufgenommen werden. Insgesamt fanden sich fünfundzwanzig junge Männer zusammen, die ihre Studien begannen oder fortsetzen; viele von ihnen waren Vertriebene.
Nach und nach wurde die Ausbildung reformiert. Die Examensstruktur wurde geändert, Literatur und Diskussion sollten eine wichtige Stellung in der Ausbildung einnehmen. Zugleich wurde die pädagogische und katechetische Ausbildung intensiviert; die Alumnen halfen in der Bahnhofsmission mit, ein eigenes Schwimmbad bot Gelegenheit zu sportlicher Betätigung.
Um die Versorgung der wachsenden Studentenschar in einer von Mangel geprägten Nachkriegszeit zu gewährleisten, waren sehr große Anstrengungen nötig. Ein intensiv bewirtschaftetes kleines Gut in Bughof vor den Toren der Stadt und Schenkungen aus Pfarreien stellten dies jedoch sicher.