1586 gründete Fürstbischof Ernst von Mengersdorf ein „seminarium“ für den Hochstift Bamberg. Die Anfänge dieses Kollegs waren sehr bescheiden: Neben Regens und Professoren für die einzelnen Ausbildungsdisziplinen sollte die Gemeinschaft insgesamt sechsunddreißig Alumnen umfassen.
Doch mit dem formalen Gründungsakt war es nicht getan; den Verantwortlichen stellten sich bald Probleme in den Weg. Es fehlte nahezu an allem: An Fachkräften, an geeigneten Räumlichkeiten und vor allem (wie konnte es anders sein) an Geld. Doch Not macht erfinderisch: Mit dem Karmelitenkloster in der Au fand man ein Provisorium, das für den Anfang genügte (in den folgenden neunzig Jahren sollten sich die Räumlichkeiten durch Umzug gleich sechs mal ändern) . Die Gründung der Ernestinischen Seminarstiftung durch den Fürstbischof sollte für eine stabile finanzielle Grundlage sorgen. Zweiundzwanzig Jahre nach Abschluss des Konzils von Trient begann das Seminar damit als eine Art „Misch-Institut“ aus Gymnasium, Priesterseminar und qualifizierte Fortbildungsstätte für Domvikare und bischöfliche Beamte.